Budžetska inspekcija u vršenju kontrole, prvenstveno primenjuje posebne (sektorske) propise:
1. Odluku o osnivanju i radu službe za budžetsku inspekciju (ukoliko je doneta odluka),
2. Uredbu o radu, ovlašćenjima i obeležjima budžetske inspekcije („Službeni glasnik RS“, br. 10/04 i 84/07),
3. Zakon o budžetskom sistemu („Službeni glasnik RS“, br. 54/09, 73/10, 101/10, 101/11, 93/12, 62/13, 63/13 - ispr., 108/13, 142/14 i 68/15 - dr. zakon),
4. Zakon o inspekcijskom nadzoru („Službeni glasnik RS“, broj 36/15),
5. Zakon o opštem upravnom postupku („Službeni list SRj“, br. 33/97 i 31/01 i „Službeni glasnik RS“, br. 30/10).